Gli habitat presenti nel sistema dunale comprendono specie molto interessanti perché altamente specializzate per far fronte condizioni molto particolari: alta salinità, poca disponibilità di acqua, alto irraggiamento solare etc. La maggior parte di questi habitat sono presenti, considerando tutto l’Arcipelago Toscano, solo all’Isola d’Elba sulla spiaggia di Lacona; a Pianosa invece, nella spiaggia di Cala Giovanna, è presente unicamente l’habitat pioniero che rappresenta la prima fase di colonizzazione da parte della vegetazione superiore nella dinamica di costruzione delle dune costiere. Il sistema è sottoposto a differenti fattori di minaccia, la maggior parte dei quali di tipo antropico: presenza di un carico turistico eccessivo e incontrollato, pulizia dell’arenile effettuata con modalità inappropriate, erosione del piede dunale dovuta a forti mareggiate e presenza di IAS vegetali come il Fico degli ottentotti e il Fico d’india, che alterano il delicato equilibrio delle specie psammofile.